Mäkäräinen ledde säsongens näst sista lopp ända till det tredje skyttet men rasade sedan till fyra.
Segern gick till värsta konkurrenten Darja Domratjeva vilket innebar att Domratjevas ledning i världscupen befästes ytterligare.
Mäkäräinen medgav att chanserna att gå förbi i dag är närmast teoretiska.
– Chanserna försvann säkert ganska långt i dag. I synnerhet om Darja minns hur man skjuter. Och det måste jag ju själv också komma ihåg, säger Mäkäräinen med ett skratt.
Mäkäräinen talade om ett märkligt misstag som Domratjeva råkade ut för i det andra skyttet. Hon trodde att hon skulle skjuta stående och stod en stund med geväret mot axeln.
Tack vare rop från den ryska publiken märkte hon att något var på tok och såg på sin finländska konkurrent som låg på marken och sköt.
Mäkäräinen märkte också att vitryskan stod upp och sade att hon måste dubbelkolla för att försäkra sig om att hon sköt i rätt ställning.
– Jag tänkte att visst är det jag som har rätt. Jag märkte också att hon inte hann skjuta innan hon insåg sitt misstag. Publiken skrek nog högt och försökte få hennes uppmärksamhet, säger Mäkäräinen.
Utmattade ben
På grund av misstaget tappade Domratjeva nästan en halv minut till Mäkäräinen men gick efter tredje skjutstationen upp i en ledning som höll ända i mål.
– Hon har ju varit så bra i år att hon förtjänar segern, säger Mäkäräinen.
Mäkäräinen sköt nollor i liggande men i stående fick hon hela tre bommar. Problemet från fredagens segerrika sprint – darrande ben – plågade Mäkäräinen även i går.
– Jag är ganska slut. I synnerhet på det första stående skyttet var skakningarna ännu mer katastrofala än på fredagen, sade Mäkäräinen.
Domratjeva bommade bara en måltavla, medan tvåan och trean, tyskorna Laura Dahlmeier och Franziska Preuss, sköt prickfritt.
En liten tröst för Mäkäräinen var att hon vann jaktstartscupen med en poäng före Domratjeva.
– Det kände jag lite nervdaller för under sista rundan och i mål. Det gick bra. Även de små kristallkulorna duger.
Världscupens sista tävling är masstarten i dag. Mäkäräinen har också en liten chans att vinna masstartscupen.
Då skillnaden mellan finländaren och Domratjeva är 33 poäng räcker det för vitryssen att vara 13:e om Mäkäräinen kniper segern.
Om Mäkäräinen är två räcker en 19:e plats och om Mäkäräinen är trea får Domratjeva fira fast hon skulle komma i mål som 22:a då endast 30 damer står i startfältet.